A cada 4 anos, a CMP realiza o Congresso Nacional, a instância máxima deliberativa das linhas políticas e estrutura da CMP. Nele, é eleita a direção nacional composta por lideranças políticas da Central (41 titulares e 8 suplentes escolhidos, considerando a representatividade regional e de gênero). Entre estas lideranças é escolhido/a o/a coordenador/a nacional, responsável pela coordenação, animação e representação da CMP. O Congresso Nacional define ainda as prioridades políticas de atuação.

A direção nacional define uma direção executiva, colegiada, com representatividade regional e de gênero, com a responsabilidade de conduzir o cotidiano organizativo da CMP. A estrutura da Central prevê ainda reuniões quadrimestrais da direção nacional e a realização de plenárias anuais no intervalo entre os congressos.

A Plenária conta com a participação da direção nacional e de 2 representantes de cada um dos 21 estados onde CMP atua. A plenária estabelece as principais linhas de ação da CMP.

Também fazem parte da CMP os coletivos, organizados em âmbito estadual, de acordo com as necessidades conjunturais e organizativos. São compostos por eixo de atuação ou tema específico, e devem estar submetidos à direção nacional. Desse modo, os coletivos são auxiliares à execução dos objetivos da CMP: o coletivo de mulheres potencializa as lutas gerais do feminismo; o coletivo de saúde fortalece a atuação dos movimentos populares de saúde; o coletivo de combate ao racismo orienta a organização e luta de negras e negros da CMP; o de juventude tem por objetivo auxiliar no processo de organização de jovens dos movimentos.